El presidente Uribe había sido crítico radical con los desafueros de las FARC-EP mientras negociaban en El Caguán, sin embargo, la historia se repetía en su gobierno con las AUC. A pesar de este escenario tan complejo, Uribe logró su objetivo. El 7 de octubre de 2004, mediante una declaración denominada «Acto de fe por la paz», los paramilitares reiteraron su voluntad de dejar las armas e iniciaron una serie de desmovilizaciones colectivas que se extendieron hasta el 11 de abril de 2006. El último grupo se desarmó en Urabá, justo un mes antes de la reelección del presidente. Al final se disolvieron 36 estructuras armadas entre bloques y frentes, para un total de 30.944 hombres y mujeres en todo el territorio nacional.
La desmovilización paramilitar significó un alivio para la mayoría de los territorios, aunque el reciclaje y el rearme fue veloz, en parte por las irregularidades que hubo en el proceso. En algunos territorios los comandantes paramilitares dejaron grupos armados con sus hombres de confianza para continuar con la protección violenta del negocio del narcotráfico. Así lo testificó ante el Centro Nacional de Memoria Histórica uno de los excombatientes: «Vea, en febrero o marzo de 2005 reúnen a toda la organización en Guanape (Vichada), les indicaron cual era el proceso para la desmovilización, que armas se iban a entregar y quienes se iban a desmovilizar, entonces dejan una estructura de 150 hombres, divididos entre Vichada alto (Planas y Guanape) y Vichada bajo (De Cabionas hacia Puerto Carreño), esa gente no nos desmovilizamos» «Fuente de archivo externa. CIU 226».
Para cuando se produjo la reelección de Uribe, las AUC estaban desarmadas. Sin embargo habían dos asuntos que habían quedado pendientes y no estaban resueltos: la integración a la vida civil y la contribución al desmonte del narcotráfico. El primer punto dependía del marco jurídico que se aprobó para juzgar los delitos de guerra y lesa humanidad que habían cometido. El segundo, de acuerdos y traiciones sobre los que hasta hoy subsisten pactos de silencio.