El reverso de este éxito militar inédito del Estado durante la política de Seguridad Democrática fue una emergencia humanitaria también sin antecedentes. En cuanto a la dinámica del desplazamiento forzado, en 2002 se alcanzó un pico de más de 15.000 personas desplazadas; en 2003 y 2004 se observó un descenso notable (hubo cerca de 5.000 cada año), pero en 2005 de nuevo comienza a aumentar hasta alcanzar un pico de casi 20.000 personas en 2008.