De los seis grandes puntos en los que se dividió el Acuerdo de Paz, el quinto se relacionaba con los acuerdos sobre las víctimas del conflicto.
La ruta para emprender el viaje hacia una paz estable y duradera implicó la búsqueda de verdad, justicia y reparación, así como el esfuerzo por esclarecer las desapariciones en el marco del conflicto armado, y por ello se evidenció en las negociaciones la necesidad de crear un sistema integral que buscara a las personas desaparecidas y formulara una justicia transicional para que los crímenes cometidos no quedaran en la impunidad.
Se acordó entonces la creación del Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y No Repetición (SIVJRNR), actualmente denominado «Sistema Integral para la Paz» conformado por la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP), la Unidad de Búsqueda de Personas dadas por Desaparecidas en el Contexto y en Razón del Conflicto Armado (UBPD), y La Comisión para el Esclarecimiento de la Verdad, la Convivencia y la No Repetición.
Su propósito es «dar respuesta a la necesidad y a la obligación del Estado colombiano de garantizar los derechos de las víctimas, investigar y sancionar los crímenes más graves ocurridos en el marco del conflicto armado y dar seguridad jurídica a los responsables, en el marco de un modelo de justicia transicional sin precedentes en el mundo».
Durante el mandato de las tres entidades se trabajó junto al Comité de Coordinación Interinstitucional del Sistema junto a la Unidad para las Víctimas como entidad invitada permanente e inició una ruta de articulación. Así mismo, se dio la adopción de una estrategia de comunicación conjunta sobre temas comunes a los componentes del SIP, especialmente para hacer público su mensaje de cero tolerancia a la violencia y la apuesta por la construcción de paz. Un Sistema Especial de Justicia Transicional De los seis grandes puntos en los que se dividió el Acuerdo de Paz, el quinto se relacionaba con los acuerdos sobre las víctimas del conflicto.