Algunos militares señalaron ante la Comisión de la Verdad que en las ejecuciones extrajudiciales hay responsabilidades compartidas con comandantes, jueces penales militares y agentes de inteligencia. Las ejecuciones también requerían la modificación de la escena del crimen con el objetivo de que pareciera que los asesinatos se habían realizado en medio de un combate. Así, de cara a la población y en los registros de Medicina Legal, las víctimas aparecían con indumentaria de guerra. Esta alteración de la escena contradecía los signos de tortura y la trayectoria de los proyectiles que solían aparecer en los cadáveres.
Para la alteración de la escena del crimen existía algo que se conocía como kit de legalización. Este consistía en un conjunto de insumos como material de dotación, uniformes y armas que servían para alterar la escena. Esto suponía un montaje que requería de todo un trabajo logístico para la obtención y disposición de los insumos del kit. El kit de legalización era un concepto extendido en algunos batallones de las Fuerzas Militares: «Cuando le dicen a alguien que le van a mandar el kit es que le mandan un arma, ya sea fusiles, chalecos, pistolas, o todo con qué dar de baja a alguien, ese es el famoso kit» (Entrevista: 185-PR-00651. Actor armado, exintegrante Ejército, responsable, compareciente).
«Se tenía el combate, listo, se tuvo el combate, ahora, hay unos muertos, ¿qué toca hacer con esos muertos? Un levantamiento. ¿Quién lo hace? Un juez. Entonces el juez tenía que estar ahí implicado. Como hubo un muerto se tiene que abrir una investigación penal, ¿quién la abre? El juez penal militar. Esa persona tenía que estar ahí implicada también para poder ocultar. Como hubo un gasto de munición, se tenía que hacer un gasto de legalización de munición, ¿que quién lo hace? Lo hacen los comandantes de pelotones que participaron, o sea, en este caso yo, pero como yo estoy en el área de operaciones, ¿quién me lo hace? Lo hace el jefe de operaciones, el mismo que montó la orden de operaciones. Entonces él montaba su gasto de munición y luego, como hubo un anexo de Inteligencia, que fue donde se originó todo y supuestamente alguien dio la información, pues se le tiene que pagar una recompensa a esa fuente. Entonces como esa fuente es ficticia, el de Inteligencia cogía a civiles que dijeran "yo fui quién dio la información", cobrara la recompensa, digamos que la recompensa era digamos que un millón de pesos, entonces se le decía "coja usted 200 mil pesos y nosotros nos quedamos con 800"» (Entrevista: 185-PR-03211. Actor armado, militar Brigada 17, compareciente).
El área administrativa de las Fuerzas Militares era también partícipe de las ejecuciones al encubrir los hechos. En los testimonios de militares responsables de falsos positivos también se ejemplifica la participación activa de jueces penales militares en el encubrimiento de las ejecuciones. Para ello era importante que estos casos se mantuvieran dentro de la Justicia Penal Militar.