La disputa de las Autodefensas Unidas de Colombia por el territorio, había iniciado en Urabá y para el final del gobierno Samper se había extendido por Antioquia, Sucre, Meta y Guaviare, también al Caribe, el Catatumbo, la región Pacífica, los Llanos orientales, la Amazonía y en particular al Putumayo. También hacia las ciudades cuyos mayores focos de disputa fueron las universidades y algunos barrios periféricos. Asimismo, durante los tres años que duró la zona de distensión, se observó la concurrencia de cordones militares a su alrededor y un paulatino despliegue de frentes de las AUC.
Las AUC manejaron la lógica de «quitarle el agua al pez»: la población civil se convertía en objetivo militar, con el fin de quebrar cualquier tipo de apoyo a los grupos insurgentes. En el frente militar las autodefensas cometieron masacres, asesinatos selectivos, desapariciones, generaron desplazamientos, despojo y destrucción de pueblos.
En el frente económico, de las AUC concurrieron varios intereses: los narcotraficantes querían dominar los territorios cocaleros y las rutas de salida. Para esto, financiaban a las AUC buscando protección para su negocio y así obtenían, además, un lugar en el sistema político como soldados de la causa contrarrevolucionaria. Otros miembros de las AUC veían en el narcotráfico una forma de financiación para consolidar un proyecto de derecha al lado de la sociedad, con ambición de que este llegara a consolidarse políticamente. Los narcotraficantes financiaron la expansión de las autodefensas, de la que se beneficiaron del 97 al 2005, año de su desarme. Para entonces ya había varios senderos que permitían su incorporación camuflada al sistema económico, a través de la legalización del despojo y de sus riquezas, y al sistema político por medio de la parapolítica.
La Fuerza Pública, sin las Convivir, dejó que las AUC hicieran el trabajo sucio de acabar con el agua del pez a través de las masacres. En el periodo entre 1994-2002 se intensificaron las masacres en el accionar paramilitar, junto con la desaparición forzada, como estrategias de arrasamiento, control del territorio y de la población a través del uso del terror. Esto marcó un cambio de estrategia en el paramilitarismo, pasando de un accionar volátil y expedicionario al posicionamiento y control territorial en diferentes regiones del país. En territorios disputados con las guerrillas como Urabá, las masacres respondieron a una lógica de «juego de espejos» en la cual los actos de un grupo son respondidos de la misma manera por el otro. El objetivo ya no es infiltrar a la población, sino eliminarla del todo de un territorio específico.